- 即公司繳納之營所稅與股東繳納之個人綜所稅合而為一，公司繳納之營所稅為暫付性質，待公司盈餘分配予股東時，要將盈餘及暫付稅款一起分配予股東。
- 抵稅權：公司繳納之營所稅當作股東預繳之綜所稅，此預繳稅捐變為「可扣抵稅額」可扣抵個人綜所稅。
- 股東盈餘申報：股東依據公司發給之「股利憑單」，報繳綜所稅，扣抵其應納之綜合所得稅。
- 股東申報綜所稅時依其個人綜所稅稅率核算應納綜所稅，先前暫付之營所稅若過多應退稅，若過少應補稅。
- 若公司未將盈餘分配，要先加徵10%之營所稅。
二、影響
- 若綜所稅稅率低於17%，可退綜所稅。
- 綜所稅稅率高於17%，應補繳綜所稅。
三、公司取得之股利，不計入所得課稅
- 國內公司間股利不計入所得課稅，股利所含之可扣抵稅額，不得由投資公司應納之稅額中扣抵，僅能計入其股東可扣抵稅額帳戶之餘額，供其國內個人股東抵稅之用。
- 國內非營利機關團體及政府股東，其獲配之股利不計入所得課稅，股利所含之可扣抵稅額，不得抵稅，亦不得退還。
四、其他
- 兩稅合一制不適用於外國人股東
- 公司階段所繳納之稅額，以實際繳納中華民國之營利事業所得稅為限，不包括其繳納國外之所得稅。
